Дворец функционирует с 14 декабря 1972 года как «Дворец имени В. И. Ленина». В 1991 году был переименован во «Дворец Республики». Согласно указу президента Азербайджана Ильхама Алиева от 10 марта 2004 года был переименован во «Дворец имени Гейдара Алиева».
В 2007—2008 годах дворец подвергся основательной реконструкции — был оснащён новейшим оборудованием, были произведены изменения во внешнем облике здания, и 16 октября дворец был сдан в эксплуатацию. 24 октября 2008 года во дворце состоялась инаугурация президента Азербайджана Ильхама Алиева. Официальное же открытие реконструированного дворца состоялось 5-6 ноября 2008 года концертом народной артистки СССР Зейнаб Ханларовой